Yapılan araştırmalara göre bağırsak florasının bebeklerin doğduktan sonra anne sütü, inek sütü veya mama ile beslenmelerine göre şekillendiğini tespit edilmiş. Buna göre anne sütü ile beslenen çocukların bağırsak florasının pH-değeri 3.5-5 arasında iken, mama ile beslenenlerde pH-değerinin 7 ve üzerinde olduğunu tespit edilmiş. Uygun PH değeri 4,5 – 6,5 arasında olması gerekir. Sindirim organları günde ortalama 7–8 litre salgı (enzimler, hormonlar, vitaminler, asitler ve alkalik maddeler) üretir. En ideal enzim salınımı, pH-değerinin 4.5-6.5 arasında olması halinde gerçekleşir. Bebekte sağlıklı bir ağız ve bağırsak florasının oluşmasını sağlayan esas faktör, doğum sırasında annenin vajinasından aldığı ilk floradır. Ancak, bebek sütten kesilince bağırsaklardaki bakteri karışımı, çoğunlukla seçmeli (fakültatif) aeroblardan, zorunlu anaeroblara doğru değişir.

Bağırsak florasınında bazı bakteri türleri, yüzey antijenlerini değiştirerek kendilerini konak hücrelerine benzetirler. Böylece bağışıklık sistemine yakalanmaz. Bazı zararlı bakteriler ve mikroplar da bu stratejiyi kullanırlar. Bebeklerde sağlıklı bir flora çok önemlidir. Alerjisi olan bebek ve küçük çocukların floraları incelendiğinde C. difficile ve S. aureus gibi zararlı türler daha yüksek, LACTOBACİLLUS ve BİFİDOBACTERİUM ‘ların sayıları ise daha düşük olduğu gözlemlenmiştir. Ancak flora bozukluğu alerjilerin bir nedeni değil bir sonucu da olabilir.